Décoder les matières végétales des préparations de MTC avec le multi

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Jul 29, 2023

Décoder les matières végétales des préparations de MTC avec le multi

Scientific Reports volume 12, Numéro d'article : 5988 (2022) Citer cet article 2551 Accès 8 Citations 2 Détails d'Altmetric Metrics Avec le développement rapide de la technologie de séquençage à haut débit,

Rapports scientifiques volume 12, Numéro d'article : 5988 (2022) Citer cet article

2551 Accès

8 citations

2 Altmétrique

Détails des métriques

Avec le développement rapide de la technologie de séquençage à haut débit, les approches d’évaluation des ingrédients biologiques dans les préparations de médecine traditionnelle chinoise (MTC) ont également progressé. Grâce à une approche de séquençage multi-codes-barres, tous les ingrédients biologiques pourraient en théorie être identifiés à partir des préparations de MTC, à condition que leur ADN soit présent. Les ingrédients biologiques de plusieurs préparations classiques de MTC ont été analysés avec succès sur la base de cette approche dans des études précédentes. Cependant, l'universalité, la sensibilité et la fiabilité de cette approche sur un ensemble diversifié de préparations de MTC restent floues. Dans cette étude, nous avons sélectionné quatre préparations représentatives de MTC, à savoir Bazhen Yimu Wan, Da Huoluo Wan, Niuhuang Jiangya Wan et You Gui Wan, pour une évaluation concrète de l'approche de séquençage multi-codes-barres. Sur la base des biomarqueurs ITS2 et trnL, nous avons détecté avec succès les matières végétales prescrites (PHM) dans ces préparations représentatives de la MTC (sensibilité minimale : 77,8 %, sensibilité maximale : 100 %). Les résultats basés sur ITS2 ont également montré une fiabilité plus élevée que celle de trnL au niveau des espèces, tandis que leur combinaison pourrait fournir une sensibilité et une fiabilité plus élevées. L’approche de séquençage multi-codes-barres a montré une bonne universalité, sensibilité et fiabilité dans le décodage de ces quatre préparations représentatives de la MTC. À l’ère du big data omics, ce travail a sans aucun doute fait un pas en avant dans l’application d’une approche de séquençage multi-codes-barres dans l’analyse PHM des préparations TCM, vers une meilleure numérisation et modernisation du contrôle qualité des médicaments.

Les préparations de médecine traditionnelle chinoise (MTC) sont utilisées dans les cliniques chinoises depuis au moins 3 000 ans1,2. Il a été utilisé pour prévenir et guérir diverses maladies en Chine et est devenu plus populaire dans le monde entier au cours des dernières décennies. La préparation de MTC est composée de nombreuses matières végétales, d’origine animale et/ou minérales. Selon la théorie de la médecine chinoise et la pharmacopée chinoise (ChP)3, différentes matières médicinales étaient broyées en poudre ou bouillies, puis mélangées et moulées en pilules avec du miel ou de l'eau pour obtenir une préparation de MTC (également appelée médicament breveté). Bien que les préparations de MTC aient été largement utilisées ces dernières années, de nombreux problèmes restent à résoudre, tels que le contrôle qualité (CQ), dans lequel une attention particulière doit être portée aux matériaux et au processus de production pour garantir leur sécurité et leur efficacité. L'évaluation de la qualité de la MTC comprend principalement l'analyse qualitative et quantitative des ingrédients chimiques et biologiques4. Les méthodes actuelles de contrôle qualité des préparations de MTC ont été principalement évaluées sur la base du profilage chimique4 (par exemple, chromatographie sur couche mince (CCM)5, chromatographie liquide haute performance ultraviolette (HPLC-UV)6, chromatographie liquide haute performance-spectrométrie de masse (HPLC-MS). )7). Par rapport aux matières végétales de référence ou aux composés ciblés, les méthodes TLC et HPLC peuvent récupérer des informations sur les espèces mais ne sont pas assez précises, en particulier pour identifier les espèces hybrides génétiques, ce qui pourrait entraîner une identification incorrecte et introduire une pollution biologique et une falsification lors de la manipulation des matières végétales. processus de collecte et de fabrication. Cependant, l’utilisation de l’ADN, un fragment qui existe de manière stable dans tous les tissus8, pourrait identifier avec précision les matières végétales au niveau de l’espèce, offrant ainsi un niveau plus élevé de sensibilité et de fiabilité, et complétant ainsi l’inconvénient de l’analyse chimique9,10.

Le concept d’analyse d’ingrédients biologiques basé sur des codes-barres ADN a été proposé par Hébert11. Chen et coll. ont d’abord appliqué plusieurs codes-barres ADN candidats pour identifier les plantes médicinales et leurs espèces étroitement apparentées12. Coghlan et al., pour la première fois, ont utilisé des codes-barres ADN pour déterminer si les préparations de MTC contiennent des dérivés d'espèces végétales et animales en voie de disparition et dont le commerce est restreint2. En 2014, Cheng et al. ont pour la première fois rapporté l'analyse des ingrédients biologiques de Liuwei Dihuang Wan (LDW) à l'aide de la méthode métagénomique basée sur les biomarqueurs ITS2 et trnL13. Après cela, les rapports sur les herbes des préparations de MTC basées sur des biomarqueurs d'ADN ont vu le jour, comme Yimu Wan (YMW)14, Longdan Xiegan Wan (LXW)15 et Jiuwei Qianghuo Wan (JQW)16. Il est intéressant de noter que des études récentes ont signalé plusieurs préparations de MTC qui pourraient être efficaces dans la prévention et le traitement du COVID-1917,18, telles que la capsule Lianhua Qingwen19, les granules Jinhua Qinggan19, le composé à base de plantes Yiqi Qingjie20, etc. Aidé par la technologie des codes-barres ADN, il Il a été rapporté que la capsule Lianhua Qingwen pourrait être efficace pour prévenir ou traiter le COVID-19, ce qui pourrait être dû à ses ingrédients biologiques, tels que Glycyrrhizae Radix Et Rhizoma et Rhei Radix Et Rhizome3. Le même principe s'applique aux granulés Jinhua Qinggan et aux composés à base de plantes Yiqi Qingjie. Ces résultats ont encore une fois souligné l’importance de l’analyse des ingrédients biologiques des préparations de MTC en utilisant l’approche des codes-barres ADN.

 510 bp and the reads of trnL whose length is < 75 bp were removed. After that, we discarded the sequence whose average quality score was below 20 in every five bp sliding window along with the whole reads. The sequences that contained ambiguous base call (N), homopolymers over eight bases or primers mismatched, incorrect barcodes, were also removed from ITS2 and trnL datasets./p>